Séquençage d’ADN Sanger

Nos Services de Séquençage d’ADN sur produits PCR, plasmides, BACs, etc ...

Nous proposons différents services de Séquençage Sanger pour vérification de produits PCR et/ou plasmides, notre offre permet la vérification d’inserts courts et jusqu’à très long (8-10Kb)

Simple Brin Régulier: séquençage de l’ADN simple brin avec lecture > 900 bases, évaluation automatique Phred de la qualité.

Simple Brin plaque 96 puits: idem que le séquençage décrit ci-dessus mais adapté à un séquençage en volume pour plaques 96 puits. Nous acceptons un maximum de 4 amorces différentes par plaque 96 puits pour bénéficier du tarif préférentiel « Plaque 96 ». La quantité minimale d’échantillons à fournir sur plaque est de 48 pour bénéficier du tarif.

Marche ADN 1X: séquençage ADN simple brin par marche, pour le séquençage complet de longs ADNs (PCR ou clones). Ce service inclut les séquençages simple brins successifs pour progresser le long de l’ADN à séquencer, les corrections manuelles des séquences, les assemblages et la reconstitution complète de la séquence avec création d’une séquence consensus simple brin, les designs et synthèses des amorces internes de séquençage..

Marche ADN 2X séquençage ADN double brin par marche, pour le séquençage complet de longs ADNs (PCR ou clones). Ce service inclut les séquençages doubles brins successifs pour progresser le long de l’ADN à séquencer, les corrections manuelles des séquences, les assemblages et la reconstitution complète de la séquence avec création d’une séquence consensus double brin, les designs et synthèses des amorces internes de séquençage..

Prise en Charge de Projets Globaux de séquençage et Les Services additionnels
SERVICES A LA CARTE

Sur simple demande divers prestations complémentaires sont disponibles, n’hésitez pas à nous consulter pour en discuter, nous ne pouvons dresser ici une liste exhaustive. Quelques exemples

TypeEchantillon requitRéf
Purification de produit PCR par gel extractionVotre produit PCREADN-003
Préparation d’ADN Plasmidique (unité)Clone sur plaque agar ou glycerol stockEADN-001
Préparation d’ADN Plasmidique (en Plaques 96 puits – minimum de 48 clones sur la plaque)Clone sur plaque agar ou glycerol stockEADN-096
Synthèse d’amorce spécifique pour le séquençageLa séquence de l’amorce SYNT-001
Amplification PCR d’une cible (locus)1 µg DNA dans 10 µl H2O minimumPPCR-001
Clonage produit PCR dans un vecteur T/A cloningVotre produit PCRCPCR-002
Prise en charge de Projet plus globaux de Séquençage ADN

Identification bactérienne par séquençage 16S

Identification bactérienne par séquençage multilocus MLST sur gènes de ménage

Recherché de SNP et de Mutations dans des cohortes de patients

Services sur mesures, consulting et Recherche en sous-traitance
Ce sont quelques exemples de ce que nous pouvons vous proposer, merci de nous contacter pour tout projet particulier, nous étudierons ensemble votre demande.

Matrice ADNQuantité/RxnConcentration RequiseVolumes demandésFormats de Contenant Acceptés
Produits PCRTubes individuels 0,5-1,5-2 ml
100-200 bp4-10 ng2-5 ng/µl10µl miniBarrettes PCR de 8 puits 0,2 ml
200-500 bp10-20 ng2-5 ng/µl10µl miniPlaques PCR 96 puits
500-1000 bp20-50 ng5-20 ng/µl10µl miniA partir de 48 échantillons
1000-2000 bp50-100 ng10-50 ng/µl10µl miniFournir OBLIGATOIREMENT les échantillons
>2000 bp100-200 ng20-50 ng/µl10µl minien Plaques PCR 96 puits
PlasmidesTubes individuels 0,5-1,5-2 ml
taille 3 à 10 Kb300 ng100-200 ng/µl10µl miniBarrettes PCR de 8 puits 0,2 ml
Tailles 10 à 20 Kb500 ng100-200 ng/µl10µl miniPlaques PCR 96 puits
A partir de 48 échantillons
BAC, Cosmid, Fosmid.0.5-1 µg200-400 ng/µl15µl miniFournir OBLIGATOIREMENT les échantillons
en Plaques PCR 96 puits
Vos Amorces Spécifiques3-5 pmoles5-10 µM5 µl mini
1µl/Rxn Seq

Les concentrations listées ci-dessus sont nécessaires pour réaliser une réaction de séquence. Il est toutefois préférable de nous fournir 2 fois les volumes cités ci dessus afin de nous permettre d’avoir suffisamment de matériel pour tenter un 2ème séquençage en cas d’échec du premier essai.

Qualité
Pour des résultats optimaux, vos produits PCR et autres Matrices ADN doivent être de bonne qualité. Pour les plasmides ceux si doivent avoir un ratio A260/A280 de 1.8-2.0.

Nous pouvons inclure sur demande complémentaire, un contrôle qualité de vos échantillons avant le démarrage du process. En cas de Matrice ADN de qualité et/ou quantité insuffisante, le client en est avisé avant le séquençage et nous nous réservons le droit de refuser des échantillons ne répondant pas aux critères qualité, pour éviter une prestation inutile à forte probabilité d’échec.

Optimisation de vos échantillons pour le séquençage et “Troubleshooting” des situations d’échec

Pour plus d’ informations sur le séquençage d’ADN et le “troubleshooting” en cas d’échec de vos échantillons vous pouvez voir ici (lien page infos techniques du LIMS)

Comment passer vos commandes et expédier vos échantillons
Passer vos commandes :
Expédier vos échantillons :

Les échantillons peuvent soit :

  • nous être apportés sur place,
  • être envoyés bien protégés par courrier postal simple (24 à 48 heures pour la livraison),
  • être expédiés par Colissimo (délai garantit de 48 heures avec signature à réception)
  • ou encore expédiés par course express de type Chronopost, DHL, UPS, Fedex ou autre.

L’envoi de vos échantillons est à votre charge en dehors de situations particulière préalablement négociées selon un devis ou un Marché ou Contrat annuel (nous contacter pour connaître les modalités précises d’une prise en charge à nos frais des envois d’échantillons)

Adresse de nos Laboratoire pour l’envoi de vos échantillons :

BIOFIDAL-DTAMB

UNIVERSITE CLAUDE BERNARD LYON I
16, Rue Raphaël DUBOIS
Bâtiment G.MENDEL – 5ème Etage
69622 VILLEURBANNE CEDEX – FRANCE

Accessoires pour vous faciliter la vie

Nous pouvons fournir gratuitement et sur simple demande des Boites Coquilles de protection pour l’envoi de vos échantillons.

Nous disposons de 2 formats, l’un pour l’envoie de tubes et l’autre pour l’envoi de plaques.

Téléchargement de vos résultats et logiciels d’analyse

Nous vous livrons des séquences de haute qualité avec des longueurs de lecture pouvant aller jusqu’à 1100 Q20 bases

  • Vous avez pour cela accès à un téléchargement sur notre site FTP sécurisé pour récupérer votre/vos dossiers de résultats

(pour chaque séquence un chromatogramme couleur au format *.ab1 et un fichier texte de votre séquence au format « clipped »  ou « unclipped » FASTA)

  • Nous conservons vos résultats de séquence 1 an avant leur destruction
  • Nous stockons vos échantillons et primers spécifiques 3 mois avant destruction
  • Ceci vous donne la possibilité de commande de nouveaux séquençage sur des échantillons existants en notre possession sur une durée de 3 mois sans avoir à renvoyer vos échantillons et /ou primers (dans la limite d’un excédant résiduel après les 1ères analyses)

Logiciels pour l’édition de vos chromatogrammes couleurs de séquençage

Vous trouverez sous notre rubrique « Centre de téléchargement » tous les liens web utiles pour télécharger gratuitement des logiciels et outils pour l’édition et/ou l’analyse des résultats de séquençage de l’ADN que nous vous envoyons. Voici ici un exemple de tels logiciels :

Les primers universels de Séquençage

Pour plus d’informations sur les primers universels en stock dans notre laboratoire, téléchargez la liste Universal Primer List (lien ici). Tous ces primers sont proposés sans surcoût pour tous nos services de séquençage.

Délais de livraison des résultats de séquençage ADN
24 à 48 heures après réception de vos échantillons, pour du séquençage simple (Simple ou Double brin sur échantillons en Tubes, ou en plaques (jusqu’à 2 plaques, compter 24 heures de + pour 3 et au dessus)

Nous livrons 2 à 3 Kb/semaine de lecture pour la Marche sur ADN ou “Chromosome Walking »

Nos Tarifs et Devis

Sur simple demande en fonction de vos volumes annuels de séquençages ou pour un projet ciblé, merci de nous contacter pour une demande de devis

Politique en cas d’échec ou de mauvais résultats

  • Reprise
    • En cas d’absence de résultat ou de résultat imprécis:
      • Si le problème provient de notre laboratoire, les réactions seront reprises sans frais.
      • Si le problème provient de l’échantillon lui-même, les réactions seront reprises sur demande aux frais du client
    • En cas de profils déformés (LORs)
      • S’il s’agit d’un problème de migration qui pourrait être causé par nos instruments, la migration sera reprise sans frais à partir de la même réaction. S’il s’agit d’un problème de purification ou de dosage, la migration sera reprise mais sans garantie de résultat.
    • La présence de structures secondaires peut causer de forts blocages et exiger des conditions de réactions particulières. Dans ce cas, la reprise sera faite sur demande aux frais du client et un supplément pourrait être exigé selon les conditions utilisées