MLVA signifie Multiple Loci VNTR Analysis (Varible Number of Tandem Repeats). Cette méthode détermine le nombre de répétitions en tamdem à différents loci d’un génome bactérien. Elle est très employée pour le typage des souches bactériennes ou pour des empreintes génétiques en médecine légale.
VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) sont des minisatellites dont la taille des motifs est comprise entre 10 et 100 pb. Ils sont repartis sur des zones génomiques de 500 à 30 000 bp de long.
La méthode utilise la PCR pour amplifier, généralement par PCR multiplex, plusieurs loci contenant chacun un minisatellite polymorphe. Le nombre de répétition de chaque VNTR est établi après mesure de la taille de l’amplicon sur un séquenceur capillaire.
C’est une méthode de génotypage performante pour Yersinia pestis, Bacillus anthracis et le complexe Mycobacterium tuberculosis (MIRUs 24 loci), Legionella pneumophila (25 loci), Pseudomonas aeruginosa, Salmonella enterica (6 loci), Escherichia coli O157 :H7 (7 loci), Staphylococcus aureus (SIRUs 7 loci).
MIRU, Mycobacterial Interspersed Repetitive Units (MIRU ou MIRU-VNTR) est le nom donné à un ensemble de VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) spécifique du complexe Mycobacterium tuberculosis.
Il a été décrit 24 loci variables situés principalement dans des régions intergéniques. Ces unités répétées ont une taille d’environ 50 à 100 paires de bases et entrent donc dans la catégorie des minisatellites.
Informations pratiques :
Pour les utilisateurs locaux, merci d’apporter vos échantillons au DTAMB. Ils seront transmis par levée journalière (vers 18h) dans les locaux de Biofidal. Pour les clients extérieurs, merci de les envoyer directement sur le site de Vaulx-en-Velin (adresse ici).