La métagénomique est une procédure d’investigation permettant de décrire qualitativement et quantitativement le contenu génétique d’un échantillon composé d’un mélange d’espèces. C’est une procédure in vitro qui, en conséquence, permet la mise en évidence d’espèces non cultivables dans un milieu complexe (sols, aliments, contenu intestinal, eaux, air …).
La procédure type consiste à amplifier un fragment d’ADN à l’aide d’amorces de PCR universelles (amplifiant le plus grand nombre d’espèces possible), puis de séquencer l’ensemble. Une analyse bioinformatique associée permet ensuite d’identifier les espèces présentes dans l’échantillon ainsi que d’apprécier leur fréquence respective.
Analyse de régions variables de l’ARN 16S
L’ARN ribosomique 16S est un constituant universel de la sous unité 30S des procaryotes (eubactéries et archéobactéries). Sa séquence nucléotidique présente une alternance de régions présentant un niveau de conservation différent d’un point de vue évolutif (régions constantes et variables). L’analyse de ces régions par séquençage permet de différencier – et d’identifier – les espèces en présence. C’est l’ADN codant pour l’ARN correspondant qui est séquencé.
Classiquement nous proposons le séquençage de la région V3-V4 qui répond à beaucoup de problématiques. D’autres régions sont évidemment possibles. Contactez-nous.
Analyse de l’ARN 16S complet (environ 1,5 kb)
La précision et le niveau de résolution est augmenté par rapport à l’analyse d’un fragment d’ARN 16S.
Analyse de l’ARN 23S complet (environ 3 kb)
L’ARN 23S est un constituant de la sous-unité 50S des procaryotes (eubactéries et archéobactéries). Sa séquence nucléotidique est également une succession de zones variables et conservées, dans sa globalité plus variable que la séquence de l’ARN 16S. Ceci apporte donc un niveau de précision supplémentaire. En revanche, les bases de données sur lesquelles sont établies les identifications sont moins bien alimentées.
Analyse de l’ARN 16S-23S complets en tandem (environ 5 kb)
Important niveau de finesse d’analyse à partir d’un composant universel du vivant amplifié par PCR sur un large spectre d’organismes.
Matériel requis :
- ADN génomique (PCR préparées par NOS soins) ou
- Produit de PCR avec queue universelle Illumina (préparés par vos soins) : merci de nous contacter, ou
- Produit de PCR avec adaptateurs Illumina (préparés par vos soins) : merci de nous contacter.
Type de séquençage :
- Sur Illumina MiSeq (2x300pb)
Résultats fournis :
- Données brutes (fichiers au format fastq)
- Séquences consensus (format fasta)
Bioinformatique :
- Assemblage pour reconstituer la taille du fragment d’origine.
- Identification des espèces.