Le transcriptome est constitué par l’ensemble des ARN issus de la transcription du génome. Il peut être utile de caractériser le transcriptome d’un tissu ou d’un type cellulaire donné ou d’effectuer des comparaisons au sein d’un même type cellulaire mais dans des conditions différentes.
Le RNAseq encore appelé « whole transcriptome shotgun sequencing » est un séquençage à haut débit qui permet d’identifier et de quantifier l’ensemble des ARN transcrits dans des conditions expérimentales et à un moment donné. Il est ainsi possible de quantifier le niveau d’expression des gènes, de rechercher des mutations, SNVs, gene splicing, gene fusion et isoformes.
Nous proposons une prestation sur séquenceur Illumina MiSeq de vos transcriptomes bactériens associée à une analyse bioinformatique statistique permettant de détecter les transcrits différentiellement exprimés.
Matériel requis :
- ARN totaux (déplétion rARN ou sélection polyA réalisée par NOS soins) ou
- ARN déplétés des ARN ribosomiques (préparés par vos soins)
- ARN messager (préparés par vos soins)
Type de séquençage :
- Sur Illumina MiSeq (single-read 50 ou 150 pb ou autre)
Résultats fournis :
- Données brutes (fichiers au format fasta ou fastq)
- Bioinformatique
- Analyse quantitative
- Gènes différentiellement exprimés