Les amplicons sont des fragments d’ADN généralement amplifiés par PCR. Contrairement à la métagénomique, ces produits PCR sont marqués individuellement (tag) etséquencés en grand nombre après mélange. Il est ainsi possible de rechercher des mutations (SNP communs ou rares, insertion et délétion).
Possibilité de multiplexer jusqu’à 1536 amplicons par run de séquençage.
Matériel requis :
- ADN génomique (PCR préparées par NOS soins) ou
- Produits de PCR avec queue universelle Illumina (préparés par vos soins) : merci de nous contacter, ou
- Produits de PCR avec adaptateurs Illumina (préparés par vos soins) : merci de nous contacter.
Type de séquençage :
- Sur Illumina MiSeq (2x300pb ou autre)
Résultats fournis :
- Données brutes (fichiers au format fastq)
- Séquences consensus (format fasta)
- Fichier de mapping (format ace)
- Recherche des SNPs (tableau au format .txt ou .csv)