Le séquençage de novo s’impose lorsqu’aucun génome de référence n’est disponible. Nous séquençons de petits génomes (bactéries, virus, plasmides, mitochondries) par la technologie Illumina après fragmentation d’ADN génomique. Les séquences générées sont ensuite assemblées en contigs et scaffolds.
Nous avons développé une procédure d’assemblage de génomes spécifique en collaboration avec le Prabi.
Matériel requis :
- ADN génomique pur
Type de séquençage :
- Sur Illumina MiSeq (paired-end en 2x300pb)
Résultats fournis :
- Données brutes (fichiers au format fastq)
- Contigs / Scaffolds (format fasta)