Le Tn-seq est une analyse à haut débit permettant de déterminer les sites d’insertion des transposons dans des librairies de mutants d’insertion en séquençant les régions flanquantes. Elle permet d’identifier les gènes inactivés par l’insertion d’un transposon.
Nous pouvons assurer le design des primers, les amplifications spécifiques ainsi que le séquençage proprement dit.
Informations pratiques :
Echantillons
Les échantillons (1 échantillon par génome transposé) doivent être fournis dans de l’eau ou du TE. Des contaminants variés (sels, composés organiques, métaux …) peuvent interférer et conduire à de mauvais résultats.
Vos échantillons (500 ng mini) seront conditionnés dans un volume maximum de 30 µl en tubes de 0,5 – 1,5 ml ou 0,2 ml individuels ou en barrettes. Ils seront, dès leur arrivée, transférés dans un congélateur jusqu’à l’analyse.
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Type de séquençage
- Sur Illumina MiSeq
Résultats
- Données brutes (fichiers au format fastq)
- Identification des gènes