Le système QX 100 de BioRad est un appareil de qPCR digitale en émulsion.
Cet appareil à été upgradé (QX 200) pour permettre l’utilisation d’un marquage en SYBR Green.
Il permet la quantification absolue de cibles d’ADN sans gamme étalon. L’échantillon et son mix de PCR sont émulsionnés dans une huile spéciale par un générateur de gouttelettes, ce qui crée un partitionnement de son contenu en ADN. Il subit ensuite une PCR en point final (dans un appareil de PCR standard). Enfin, la lecture de la fluorescence des gouttelettes est faite par un lecteur qui analyse successivement la fluorescence de chaque gouttelette. Le partitionnement de l’échantillon permet une augmentation de la sensibilité par rapport à un appareil de qPCR classique. On regarde ici uniquement si la PCR est positive ou négative. Le logiciel associé calcule la fraction du partitionnement positif puis estime la concentration de cible initiale par modélisation d’une distribution selon une loi de Poisson.
Applications :
- Variation du nombre de copies
- Détection de cibles peu fréquentes
- Détection de mutations
- Expression de transcrits rares
- Analyse de miRNA
- Quantification de librairies NGS
Cet appareil a été acquis pour le DTAMB par un financement de la fédération BioEEnviS.
Logiciels :
Le logiciel QuantaSoft permet le pilotage du QX100 ainsi que l’analyse des données. Pour installer le logiciel sur votre ordinateur, merci de vous adresser aux personnels du DTAMB qui vous fourniront l’exécutable.
Prestations :
Le DTAMB propose des prestations de ddPCR sur cet appareil. Pour plus d’informations, voir dans Informations pratiques ci-dessous.
Vos contacts : Fabiola Bastian et Jihane MENNANA
Informations pratiques :
Echantillons :
Les échantillons doivent être fournis dans de l’eau. Leur qualité doit avoir été vérifié au préalable ou en faire la demande comme prestation supplémentaire. Des contaminants variés (sels, composés organiques, métaux …) peuvent interférer et conduire à de mauvais résultats. Les échantillons doivent êtres non dégradés et pures.
Vos échantillons seront conditionnés en microtubes de 0,2 – 0,5 ou dans des tubes de 1,5 ml.
Merci de fournir, avec vos échantillons, un descriptif (nom, position) sous forme d’un fichier Excel que vous trouverez ici : BC_qPCRddPCR
Pour cette prestation, merci de demander un devis.
Merci d’apporter ou d’envoyer vos échantillons au DTAMB.
Résultats :
Les résultats bruts seront fournis avec un rapport au format pdf.