Nouveau matériel : Étireuse de capillaires

Le DTAMB est désormais muni d'une étireuse de capillaires Sutter P-1000. Cet appareil permet de fabriquer des capillaires reproductiblement calibrés pour plusieurs applications et notamment des expériences de microinjections. Comme les autres appareils du DTAMB, cette machine est soumise à réservation sur l'Intranet du site web. Voir ce matériel : cliquez ici

Un test comparatif Européen assure de la plus haute qualité du séquençage Sanger réalisées par notre partenaire BIOfidal.

La société BIOfidal a participé volontairement à un test qualité du réseau EMQM (European Molecular Genetics Quality Network). Le but est d’évaluer la qualité de la technicité, des bonnes pratiques, des résultats et de se positionner par rapport aux autres laboratoires participants. Il y a eu, cette année, 267 laboratoire/sociétés participantes provenant de 36 pays dont 21 Français. Notre partenaire BIOfidal …

Upgrade Digital Droplet QX100

Le BioRad QX100 du DTAMB est un appareil de PCR digitale (QX100 Droplet Digital PCR) qui permet une sensibilité accrue grâce au partitionnement de l’échantillon en microgouttelettes. Il permet également d’effectuer des qPCR et RT-qPCR en quantification absolue (sans gamme étalon ni gène de référence). Il est adapté aux qPCR simplex ou duplex avec sondes fluorescentes. Il vient d’être upgradé …

Upgrade du Xenius Safas

Le spectrofluorimètre Safas Xenius du DTAMB est un appareil haut de gamme d’une grande sensibilité. Il était cependant vieillissant et nécessitait des améliorations. C’est chose faite. Toute l’optique a été remise à un niveau identique à un appareil neuf. De plus, une agitation des microplaques lui a été ajoutée grace au remplacement du système de guidage des microplaques par une …

Publication du génome d’une nouvelle souche de Frankia

Publication du génome d’une nouvelle souche de Frankia. Le DTAMB se satisfait d’avoir pu participer à l’élaboration des jeux de données et à l’assemblage du génome de la souche de Frankia R43 en collaboration avec l’équipe de Symbiose Actinorhizienne du laboratoire d’Ecologie Microbienne (CNRS-UMR 5557). Cette souche est symbiotique du pin d’Australie (Casuarina cunnighamiana) et permet à la plante la …

Validation de la procédure Tn-seq

Le séquençage de régions flanquantes de sites d’insertions multiples d’un transposon a été réalisé avec succès sur une souche de Dickeya dadantii.

Séquençage de 384 amplicons

Séquençage d’amplicons en multiplexage sur MiSeq. Le séquençage d’un ensemble de 384 amplicons tagués individuellement est une réalité. Nous avons maintenant la possibilité de proposer un multiplexage pouvant aller jusqu’à 1536 échantillons.

Nouveau pipeline d’assemblage de novo

Mise en place d’un nouveau pipeline d’assemblage de novo de génomes bactériens. Il implique l’utilisation successive de 5 assembleurs puis d’un méta-assembleur et à donné de très bons résultats pour l’assemblage d’E. coli, de Pseudomonas et de Stenotrophomonas par exemple.

Acquisition d’un séquenceur Illumina MiSeq

Début 2014 la société Biofidal, partenaire du DTAMB, a installé au DTAMB un séquenceur Illumina MiSeq pour ses prestations NGS. Il vient compléter le séquenceur Roche 454-Junior et permet d’augmenter les applications disponibles (RNA-seq, Tn-seq, ChIP-seq).